终于打破他在莱沃库森未能夺魁的遗憾而在这四年间巴拉克共上阵了154场入58球，成为拜仁慕尼黑阵中不可或缺的核心成员，地位与元老卡恩并列不过球队在欧洲冠军杯中经常失利，导致巴拉克一直与欧洲冠军杯无缘2006年巴拉克与拜仁慕尼黑合约即将届满，但在谈续约时却屡传谈判失败，并与一些海外大球会扯上关系，如英超冠军曼联。